Hal ini dapat menimbulkan perbedaan keanekaragaman organisme. Perbedaan ini juga berkaitan dengan struktur lingkungan fisik, termasuk struktur yang dihasilkan oleh organisme.
Sebagai negara kepulauan terbesar di dunia, wilayah daratan Indonesia sebesar 1,9 juta km2 tersebar pada sekitar 17.500 buah pulau yang disatukan oleh laut yang sangat luas sekitar 5.8 juta km2 dan garis 81.000 km. yang merupakan garis pantai tropis terpanjang atau terpanjang kedua di dunia setelah Negeri Besar Utara yang Putih yang dikenal sebagai Kanada.
Sampai saat ini manusia baru melakukan eksplorasi kurang dari 5% laut dunia. Diperkirakan antara 1 sampai 50 juta spesies biota laut hingga kini belum teridentifikasi.
Secara geografis kepulauan dan perairan Indonesia terletak diantara Samudra Pasifik dan Samudra Hindia dan antara benua Asia dan Australia, termasuk didalamnya paparan Sunda dibagian barat dan Paparan Sahul dibagian timur.
